Voltou para a Europa com a morte de D. João IV, tornando-se confessor da Regente, D. Luísa de Gusmão. Com a morte de D. Afonso VI, Vieira não encontrou apoio.
Abraçou a profecia sebastiana e por isso entrou de novo em conflito com a Inquisição que o acusou de heresia com base numa carta de 1659ao bispo do Japão, na qual expunha sua teoria do Quinto Império, segundo a qual Portugal estaria predestinado a ser a cabeça de um grande império do futuro. Expulso de Lisboa, desterrado e encarcerado no Porto e depois encarcerado em Coimbra, enquanto os jesuítas perdiam seus privilégios. Em 1667 foi condenado a internamento e proibido de pregar, mas, seis meses depois, a pena foi anulada. Com a regência de D. Pedro, futuro D. Pedro II de Portugal, recuperou o valimento.
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